Canillas de Río Tuerto pertenecía al Reino de Castilla a mediados del siglo XII y fue donada por Sancho III el Deseado en su breve reinado (1157-1158) al cuarto señor de Vizcaya y conde de Nájera, Lope Díaz de Haro.
En 1170, el conde y su esposa, doña Aldonza Ruiz de Castro, donaron sus posesiones en Cañas, Canillas y una viña en Troncillo mediante escritura a las monjas que ocupaban en monasterio de Ayueles, lo cual permitió que se estableciera en la abadía de la vecina localidad de Cañas la primera fundación riojana de reforma Cisterciense.
SEÑORÍO DE HERVÍAS
Posteriormente, perteneció como villa al señorío de los Condes de Hervías y Montalvo hasta que, en 1811 las cortes de Cádiz abolieron estos privilegios. Formó parte de la provincia de Burgos, dentro del partido de Santo Domingo, hasta la reforma administrativa de 1833, por la que se creó la provincia de Logroño.